Sterilizaci lze velmi jednoduše provádět také v mikrovlnné troubě. Do sklenic vložte čisté ovoce, zeleninu nebo houby, zalijte je cukerným roztokem nebo solným roztokem, osušte okraje sklenic a uzavřete šroubovacím víčkem (šroubovací víčko je opravdu nezbytné), ale neutahujte je příliš pevně. Uzavřené sklenice vložte do mikrovlnné trouby po obvodu, nikoliv doprostřed (pouze pokud vaříte pouze jednu sklenici, vložte ji doprostřed), a to maximálně do 4 sklenic o objemu do 0,7 l. Sklenici o tomto objemu nechte v mikrovlnné troubě na základním nastavení (700 W) po dobu 6 minut. Upozorňujeme, že tato doba platí pouze pro jednu sklenici, doba sterilizace se prodlužuje podle počtu sklenic a naopak při vyšším mikrovlnném výkonu se doba varu zkracuje. Například sklenice o objemu 0,3 litru se bude při výkonu 700 wattů vařit pouze 3 minuty.
Jako příklad uvádíme dobu sterilizace pro 1 sklenici (0,7 l) při různých mikrovlnných výkonech:
- 700 W = 6 minut
- 750 W = 5 1/2 minuty
- 800 W = 5 1/4 minuty
- 850 W = 5 minut
- 900 W = 4 1/2 minuty
Pokud vaříte více sklenic, musíte dobu sterilizace vynásobit počtem kusů. To znamená, že při výkonu 850 W budete sterilizovat 2 sklenice 10 minut (2x 5), 3 sklenice 15 minut a 4 sklenice 20 minut a stejně postupujte i při ostatních výkonech mikrovlnné trouby.
Po dokončení sterilizace vyjměte sklenice z trouby, utáhněte víčko, obraťte je a nechte 5 minut stát dnem vzhůru, aby se teplota uvnitř vyrovnala. Výhodou tohoto způsobu zavařování je jeho rychlost, skutečnost, že na 10 sklenic spotřebujete pouze 1 KWh a že můžete zavařovat například okurky a ovoce dohromady, a v neposlední řadě také to, že můžete zavařovat pouze malý počet sklenic.